A régészeti leletek tanúsága szerint Krnjak környékén már a történelem előtti időben is éltek emberek. Ezt bizonyítják a Dvorište és Gonrnji Budački határában feltárt őskori temetkezések, a gornji budački pravoszláv templom mellett talált ókori szarkofág, a Mala Crkvina határában levő ókori telep és temetőjének maradványai, a Perići területén talált ókori leletek, a ponoraci ókori telep és temető, valamint a jopić barlangi ókori temetkezések. Dugi Dol közelében három, már a római korban is használatos kőbánya található. Az itteni életnek a középkorig való folytonosságát ugyancsak számos lelet igazolja. Ilyenek a Krnjakhoz közeli Jopić barlangban talált cseréptöredékek és a Donji Budački és Zimići közelében található erődítmények maradványai. A Koranán Velika Crkvina közelében és a Rijeca-patakon Donji Budački és Grabovac mellett már a középkorban malmok működtek. Ezek közül néhány ma is üzemképes. A sorozatos török támadások és fosztogatások következtében a horvát lakosság jórészt már 1445-ig elmenekült erről a vidékről, mely a 16. század második felére teljesen lakatlanná vált. Helyükre a birtokos az osztrák és horvát nemesek 1685-től pravoszláv szerb lakosságot telepítettek. Csak 1685-ben a Habsburgok és generálisaik 284 családot telepítettek 2784 lakossal Krnjak, Gornji és Donji Budački területére, akik közül 747 gyalogos, 184 lovas és 294 egyéb katonai szolgálatra alkalmas telepes volt. Ezek a telepítések Strasold Mátyás károlyvárosi és Orsich Ferenc turanji kapitányok vezérletével történtek. A katonai határőrvidék idejében Krnjak a szluini ezred 6. századának ellenőrzése alá tartozott, 1749-ben pedig már a század állomáshelye volt. 1759-ben Gornji Budačkin felépült az első kis szerb pravoszláv fatemplom, melyet később a II. világháború idején miután kifosztottak felgyújtottak. Krnjak község 1881-ben alakult meg, ugyanebben az évben épült fel itt a Legszentebb Istenanya tiszteletére szentelt szerb pravoszláv templom. A II. világháborúban az olasz megszállók ezt is kirabolták és lovaikat tartották benne. 1942-ben horvát usztasák felgyújtották, majd a háború után a kommunista hatóságok a helyén építették fel az iskolát, amely ma Zrínyi Katalin nevét viseli. 1910-től Krnjakon szerb földműves szövetkezet működött, 1911-ben szódagyár is üzemelt a településen. 1906-tól a község terültéről csak Amerikába 423-an vándoroltak ki, akik közül 53 volt nő.
A második világháború idején a község területének embervesztesége 1147, volt, akik közül 355-en a fasiszták elleni harcokban estek el, 792 személy köztük 108 gyermek pedig a népirtás áldozata lett. 1995 augusztusában a szerb lakosság nagy része elmenekült a horvát hadsereg támadása elől, házainak kirabolták vagy felgyújtották. Helyükre főként Boszniából menekült horvátok költöztek.
A településnek 1857-ben 296, 1910-ben 505 lakosa volt. Trianon előtt Modrus-Fiume vármegye Vojnići járásához tartozott. 2011-ben a falunak 376, a községnek összesen 2019 lakosa volt. Ma a községben alapiskola, labdarúgóklub, szerb kulturális egyesület, önkéntes tűzoltó egylet, turisztikai egyesület, mezőgazdasági szövetkezet, nőegylet működik.