A 2012–2013-as Európa-liga küzdelmeiben 53 UEFA-tagország 193 csapata vett részt. Az egyes országok indulásra jogosult csapatainak számát a nemzeti labdarúgó-bajnokságokra vonatkoztatott UEFA-együttható alapján határozták meg:
az 1–6. helyen rangsoroltak 3 csapatot,
a 7–9. helyen rangsoroltak 4 csapatot,
a 10–51. helyen rangsoroltak egyaránt 3 csapatot indíthattak (kivéve Liechtenstein),
az 52–53. helyen rangsoroltak 2 csapatot indíthattak.
További résztvevők:
az UEFA-sportszerűségi ranglista első három helyezett nemzete (Norvégia, Finnország, Hollandia) a 2012–13-as kiírásban plusz egy-egy csapatot indíthatott.
Egy Európa-liga indulási jog szabaddá vált, ha egy csapat indulási jogot szerzett az UEFA-bajnokok ligájában és az Európa-ligában is, valamint ha egy csapat több jogon szerzett indulási jogot az Európa-ligában. A szabaddá váló helyet az alábbi szabályok szerint kellett feltölteni, tekintettel az adott országból indítható csapatok maximális számára is:[1]
Ha egy labdarúgókupa győztese indulási jogot szerzett az UEFA-bajnokok ligájában, akkor a helye szabaddá vált, a többi Európa-ligában indulási jogot szerző csapat egy hellyel feljebb került. Az utolsó indulási jogot a labdarúgókupa döntőse kapta meg, amennyiben az még nem szerzett indulási jogot. Ha a döntős is már indulási jogot szerzett, akkor az indulási jogot az a bajnoki helyezés alapján legjobb helyen végző csapat kapta, amelynek még nem volt indulási joga.
Ha egy labdarúgókupa győztese indulási jogot szerzett az Európa-ligában a bajnoki helyezése alapján, akkor a helye szabaddá vált, a többi Európa-ligában indulási jogot szerző csapat egy hellyel feljebb került. Az utolsó indulási jogot az a bajnoki helyezés alapján legjobb helyen végző csapat kapta, amelynek még nem volt indulási joga.
Ligakupa-győztes szabaddá váló helyét az a bajnoki helyezés alapján legjobb helyen végző csapat kapta, amelynek még nem volt indulási joga.
A Fair Play alapján indulási jogot is szerző csapat szabaddá váló helyét az a Fair Play táblázat alapján legjobb helyen végző csapat kapta, amelynek még nem volt indulási joga.
A 2010–2011-es kiírás győztesének (Atlético de Madrid) a csoportkörben biztosítottak helyet, az Atlético de Madrid azonban a spanyol bajnokságbeli helyezése alapján is indulási jogot szerzett, ezért a spanyol bajnokság ötödik helyezettjének helye szabaddá vált.
A 2012–2013-as UEFA-bajnokok ligájából a tervezettnél eggyel kevesebb csapat kerül át, mert a 2011–2012-es UEFA-bajnokok ligája-győztes angol Chelsea csak a hatodik lett a 2011–2012-es angol bajnokságban, és a BL-ben egy országból legfeljebb négy csapat indítható. Ezért az angol bajnokság negyedik helyezettje, a Tottenham Hotspur a bajnokok ligája helyett az Európa-ligában indulhatott. A bajnokok ligájában egy hely szabaddá vált, így a selejtezőben 15 helyett csak 14 vesztes kerül át az Európa-ligába.
A szabaddá váló, feltöltetlen helyek miatt a következő változások történtek:
A 16. és 17. helyen rangsorolt nemzeti labdarúgó-kupák (Svájc és Izrael) a 3. selejtezőkör helyett a rájátszásban kaptak helyet.
A 19. és 20. helyen rangsorolt nemzeti labdarúgó-kupák (Ausztria, Ciprus) a 2. selejtezőkör helyett a 3. selejtezőkörben kaptak helyet.
A 33., 34., 35. és 36. helyen rangsorolt nemzeti labdarúgó-kupák (Moldova, Litvánia, Lettország és Grúzia) az 1. selejtezőkör helyett a 2. selejtezőkörben kaptak helyet.
Anglia (ENG): A Tottenham Hotspur a bajnokok-ligája indulást érő negyedik helyen végzett. Azonban a bajnokság hatodik helyezettje, a Chelsea megnyerte a 2011–2012-es UEFA-bajnokok ligáját, ezért a címvédő jogán a 2012–13-as bajnokok ligájában indulhatott. A BL-ben egy országból maximum négy csapat vehetett részt, ezért a Tottenham az Európa-ligában indulhatott.
Csehország (CZE): A Sigma Olomouc csapatát a Cseh Labdarúgó-szövetség bundázás miatt megbüntette, ezért az UEFA kizárta a csapatot az Európa-ligából. Helyette a bajnoki negyedik helyezett Mladá Boleslav indulhat, végleges döntés még nincs.[5]
Görögország (GRE): Az AÉK, a 2011–2012-es görög bajnokság második helyezettje nem kapott UEFA-licencet pénzügyi gondok miatt, ezért helyette a bajnoki hatodik helyezett Asztérasz Trípolisz indulhatott.
Írország (IRL): A 2011–2012-es ír bajnokság harmadik helyezettjét, a Derry City-t két éve három évre kizárták, ezért helyette az ötödik helyezett Bohemians indulhat.[6]
Magyarország (HUN): A harmadik helyezett Győri ETO FC-t az UEFA kizárta, ezért a negyedik helyezett csapat indulhatott.[7]
Málta (MLT): A Qormi, a 2011–2012-es máltai labdarúgókupa döntőse, az Európa-ligában indulási jogot szerző Hibernians ellen játszik. A Qormi nem kapott UEFA-licencet, ezért helyette a 2011–2012-es máltai bajnokság negyedik helyezettje, a Floriana szerzett indulási jogot.[8]
Skócia (SCO): A 2011–2012-es skót bajnokság második helyezettje nem tudott időben UEFA-licencet szerezni.[9] Ezért helyette a bajnokság hatodik helyezettje, a St. Johnstone indulhatott.
Törökország (TUR): A 2011–2012-es török bajnokság negyedik helyezettjét, a Beşiktaş JK-t a klub pénzügyi nehézségei miatt az UEFA kizárta.[10] Helyette a bajnokság hatodik helyezettje, az Eskişehirspor indulhatott. Eredetileg az ötödik helyezett Bursasport is kizárták, de a Nemzetközi Sportdöntőbíróság visszavonta az UEFA ítéletét.[11]
T: Az 1. selejtezőkörből továbbjutott csapat, a sorsoláskor nem volt ismert.
A dőlt betűvel írt csapatok az 1. selejtezőkörben egy magasabb együtthatóval rendelkező csapat ellen győztek, és az ellenfél együtthatóját hozták magukkal.
T: A 2. selejtezőkörből továbbjutott csapat, a sorsoláskor nem volt ismert.
A dőlt betűvel írt csapatok a 2. selejtezőkörben egy magasabb együtthatóval rendelkező csapat ellen győztek, és az ellenfél együtthatóját hozták magukkal.
Ebben a körben 62 csapat vett részt. 29 csapat a 3. selejtezőkör továbbjutójaként, és itt csatlakozott 19 csapat, valamint 14 vesztes az UEFA-bajnokok ligája 3. selejtezőköréből.
* - A sorsolás időpontjában a csapat neve nem volt ismert a félbeszakadt Dila Gori–Anórthoszisz mérkőzés miatt. Később a Dila Gori lett a továbbjutó, ezért az Anórthoszisz együtthatóját hozta magával, amely magasabb együtthatóval rendelkezett.
A csoportkörben a címvédő, a rangsor szerinti első hat ország kupagyőztes csapata, a rájátszásból győztes 31 csapat, valamint az UEFA-bajnokok ligája rájátszásából búcsúzó 10 csapat vett részt.
A csoportkörben 12, egyaránt négycsapatos csoportot képeztek. A csoportokban a csapatok körmérkőzéses, oda-visszavágós rendszerben mérkőztek meg egymással. A csoportok első két helyén végző csapata az egyenes kieséses szakaszba jutott, a harmadik és negyedik helyezettek kiestek. A csoportokat 2012. augusztus 31-én sorsolták Monacóban.
A döntő kivételével mindegyik mérkőzés oda-visszavágós rendszerben zajlik. A két találkozó végén az összesítésben jobbnak bizonyuló csapatok jutnak tovább a következő körbe. Ha az összesítésnél az eredmény döntetlen, akkor az idegenben több gólt szerző csapat jut tovább. Amennyiben az idegenben lőtt gólok száma is azonos, akkor 30 perces hosszabbítást rendeznek a visszavágó rendes játékidejének lejárta után. Ha a 2x15 perces hosszabbításban gólt/gólokat szerez mindkét együttes, és az összesített állás egyenlő, akkor a vendég csapat jut tovább idegenben szerzett góllal/gólokkal. Gólnélküli hosszabbítás esetén büntetőpárbajra kerül sor.
A döntőt egy mérkőzés keretében rendezik meg. A rendes játékidő végén döntetlen esetén hosszabbítást játszanak, ha ezután is döntetlen marad az eredmény, akkor büntetőpárbaj következik.