Az 1999–2000-es UEFA-bajnokok ligája a legrangosabb európai nemzetközi labdarúgókupa, mely jelenlegi nevén 8., jogelődjeivel együttvéve 45. alkalommal került kiírásra. A döntőnek a párizsiStade de France adott otthont. A döntőt a spanyol Real Madrid nyerte a Valenciával szemben.
A lebonyolítás sokban változott az előző szezonokhoz képest. Bővült azoknak az országoknak a köre, amelyek indíthatták a bajnokság második helyezettjét, sőt első alkalommal a legerősebb bajnokságok harmadik és negyedik helyezettjei is részt vehettek. Három selejtezőkör után 32 résztvevővel alakult ki az első csoportkör mezőnye. A két csoportelső jutott tovább a második csoportkörbe, a csoport harmadik helyezettje az UEFA-kupában folytatta. A negyedik helyezett kiesett. A második csoportkörben 16 csapat vett részt, ahonnan 8 csapat jutott az egyenes kieséses szakaszba.
A második csoportkörben az a 16 csapat vett részt, amelyek az első csoportkör során a saját csoportjuk első két helyének valamelyikén végeztek. A csoportokban a csapatok körmérkőzéses, oda-visszavágós rendszerben mérkőztek meg egymással. A csoportok első két helyezettje az egyenes kieséses szakaszba jutott. A harmadik és negyedik helyezettek kiestek.