Szülővárosának csapatában a Real Valladolidnál nevelkedett, majd innen a tartalék csapatba került.[4] 1993. szeptember 18-án mutatkozott be a felnőttek között rögtön góllal a Sevilla elleni bajnoki mérkőzésen.[4] 1996-ban szerződtette az Atlético Madrid, de először csak a tartalékok között számítottak rá.[5]1998–1999-es szezonra felkerült az első keretbe és több alkalommal pályára is léphetett.[6]1999–200-es idény végén csapata kiesett az élvonalból.[4]
2000-ben a Valencia csapata szerződtette 12,5 millió dolláros, klubrekordot jelentő átigazolási összegért, amit Javier Farinós és Gerard López eladási összegéből fedezték a szerződtetését.[7] Első szezonjában rögtön alapembere lett csapatának és a szezon végén a Bajnokok ligája-döntőben is pályára lépett a német Bayern München ellen, de azt elvesztették.[8] A 2001–2002-es szezonban megnyerték a bajnokságot és ez volt az ő első profi serlege.[9]17 bajnoki mérkőzésen lépett pályára és ezeken a találkozókon 7 gólt szerzett, ezzel a Valencialegeredményesebb játékosának bizonyult.[10] A 2004-ben ismét bajnoki címet ünnepelhetett klubjával, valamint a francia Olympique de Marseille ellen megnyerték az UEFA-kupát is.[11]
A 2006–2007-es szezontól fogva többször is megsérült, majd 2010 májusában bejelentette, hogy az idény végén lejáró szerződése után visszavonul.[12] Május 16-án lépett utoljára pályára a Tenerife elleni bajnoki mérkőzésen, ahol a 89. percben cserélték le és hatalmas tapsviharral fejezték ki tiszteletüket Braja felé.[13]
2011 júniusában visszatért az Atlético Madridhoz, ahol az újonnan kinevezett Gregorio Manzano edzői stábjában kapott helyett.[19] 2013 és 2015 között a Valenciaifjúsági csapatainál volt edző, valamint egy alkalommal a B csapat kispadján is irányított.[20] 2015. július 12-én a spanyol másodosztályban szereplő Elche edzője lett, ez volt az első vezetőedzői munkája.[21][22] 2016. június 6-án lemondott posztjáról, miután nem értett egyet a vezetőség új feltételeivel.[23] 2016. november 8-án a Rayo Vallecano kispadjára nevezték ki.[24] 13 mérkőzést követően mindössze 3 győzelmet szereztek ezért a következő év február 20-án menesztették, a kieső helytől egy ponttal voltak ekkor.[25] December 12-én a Sporting Gijón edzője lett.[26] A Barcelona B elleni bajnoki mérkőzt követően 4 mérkőzéses eltiltást kapott, valamint 3005 eurós pénzbírságot, mert a találkozó 80. percében előbb a kigurult labdáért siető Sergi Palencia után nyúlt, majd pedig lábbal kibuktatta.[27] 2018. november 18-án elbocsájtották, miután a Real Oviedo ellen elvesztették az asztúriai derbit.[28] 2019 decemberében a Tenerife vezetőedzője lett és sikerült elkerülniük a kiesést, de 2020. július 20-án mégis távozott.[29][30] Augusztus 20-án a Real Zaragoza trénere lett, miután ő váltotta Víctor Fernándezt a kispadon.[31] November 9-én kirúgták rossz teljesítmény miatt, a klub ekkor a 18. helyen volt a bajnokságban.[32]
.jpg)
Spanyolország
Ausztria
Japán
Észak-Írország
Peru
Andorra