Az El Conejito (a nyúl) becenevű játékos az argentin CA River Plate együttesében kezdte pályafutását, ahol 16 évesen mutatkozhatott be a felnőttcsapatban. Nem sokkal később már ő volt csapata egyik legjobbja. 1999-ben Apertura, 2000-ben Clausura-bajnoki címhez segítette csapatát, és mindössze 18 évesen az év dél-amerikai labdarúgója lett.
19 évesen Saviola a katalán sztárklubhoz, az FC Barcelonához igazolt. Mivel volt spanyol útlevele, nem kellett vele számolni a maximum nem EU-játékosokat érintő szabálynál. Louis van Gaal edzősködése alatt, első barcelonai évében 17 gólt szerzett.
Második szezonja a Barcánál nem indult jól, Saviola ugyanis a szezon első felében mindössze 2 gólt szerzett. Amikor van Gaalt elküldték, helyére pedig Radomir Antić került, ismét formába lendült, és a tavaszi szezonban 11 gólt szerzett. A következő szezonban érkezett a klubhoz a szintén holland edző, Frank Rijkaard. Bár ekkor még 14 gólt szerzett, később már egyre kevesebbet játszott, majd kétszer is kölcsönadták, előbb a francia Monacónak, majd a spanyol Sevillának. Bár Saviola jól játszott, továbbra sem szerepelt Rijkaard tervei között, legközelebb csak a 2006–2007-es szezonban játszott ismét Barcelonában. Ekkor 18 mérkőzésen játszott, haton kezdőként, 12-n csereként, ezeken összesen 5 gólt szerzett.
2007 nyarán Saviola ismét váltott, ezúttal a Real Madrid CF együtteséhez szerződött, miután lejárt szerződése a katalán klubbal. A szerződése jelenleg 2010-ig tart. A klubnál eddig összesen 4 gólt szerzett, 16 mérkőzésen.
2009. június 26-án 5 millió euróért az SL Benfica csapatához igazolt Lisszabonba, a portugál fővárosba. Három évre szóló szerződést írt alá. Első gólját büntetőből lőtte a Sion elleni barátságos mérkőzésen.
