Ez a lap vagy szakasz tartalmában elavult, korszerűtlen, frissítésre szorul. Frissítsd időszerű tartalommal, munkád végeztével pedig távolítsd el ezt a sablont!
Stam a helybeli amatőr futball klubban, a DOS Kampen kezdte pályafutását. Profiként 1992. augusztus 15-én az FC Zwolle színeiben mutatkozott be a SC Heracles ellen az Eerste Divisie-ben, ami 1-1-es döntetlennel zárult. A Zwolle-ban kezdőemberré vált és leigazolta az első osztályú Cambuur Leeuwarden, de a csapat kiesett és visszakerült a másodosztályba.
Két Cambuurnál töltött szezon után átigazolt a Willem II-be. Az ütést egy 1–0-s Ajax feletti hazai győzelem Stam-nak PSV Eindhovenbe való igazolást jelentett, amivel még abban az évben megnyerte a Holland Szuperkupát.
Stam kulcsjátékos volt 1996–97-es szezonban, a csapat megnyerte a bajnokságot és a Johan Cruijff-schaalt (a holland Szuperkupa); Stam nyerte az év holland játékosa címet.
1998-ban Stam vált a legdrágább holland labdarúgójátékossá a történelemben és a legdrágább védővé , amikor a Manchester United 10,6 millió angolfontot fizetett érte.
Stam három szezont töltött a Manchester Unitednél, ezalatt az idő alatt a United három Premier League-t, egy FA kupát, egy klubvilágbajnoki és egy UEFA Bajnokok Ligája címet nyert. A klubban szerzett egyetlen gólját egy 6-2-re megnyert Leicester City elleni mérkőzésen szerezte.