Bioinformatika
A Wikipédiából, a szabad enciklopédiából
A bioinformatika biológiai problémák informatikai vizsgálatával foglalkozó interdiszciplináris tudomány, a biológia és az informatika határterülete.
Tartalomjegyzék |
Szakterületei [szerkesztés]
Három különösen rohamosan fejlődő szakterülete ismert:
- a szupraindividuális bioinformatika, amely az ökológiai rendszerek szimulációját és az ökológiai információs rendszerek komplex fejlesztését jelenti. Ennek a szakterületnek már ma is rengeteg alkalmazása van a mezőgazdaság-tudományban, járványtanban, valamint a környezet- és természetvédelemben.
- a molekuláris bioinformatika, amely a biológiai információhordozó molekulák (nukleinsavak, fehérjék) szekvenciájának elemzésével foglalkozik. Fontos eszköze volt és a Humán Genom Projektnek, a jövőben pedig új alapokra helyezheti a rendszertani kutatásokat, megteremtve egy egységes Bioszisztematika lehetőségét. Nem elhanyagolható a molekuláris bioinformatika szerepe az új gyógyszerhatóanyagok kutatásában sem.
- a számítástechnikai bioinformatika, biológiai rendszerek és komponenseik műszaki számítástechnikai felhasználásának lehetőségeit vizsgáló bionikai fejlesztési irány. (Ma még inkább proto-tudománynak tekinthető).
Magyarországon [szerkesztés]
Hazánkban 2006. március 4-én alapították meg a Magyar Bioinformatikai Társaságot [1]. A társaság célja a magyarországi bioinformatika oktatásának fejlesztése, a magyarországi bioinformatikai kutatások elősegítése, a bioinformatikával foglalkozó biológusok, matematikusok és számítástechnikusok egymáshoz közelebb hozása.
Ajánlott irodalom [szerkesztés]
- Barnes, M.R. and Gray, I.C., eds., Bioinformatics for Geneticists, first edition. Wiley, 2003. ISBN 0-470-84394-2
- Baxevanis, A.D. and Ouellette, B.F.F., eds., Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins, third edition. Wiley, 2005. ISBN 0-471-47878-4
- Claverie, J.M. and C. Notredame, Bioinformatics for Dummies. Wiley, 2003. ISBN 0-7645-1696-5
- Durbin, R., S. Eddy, A. Krogh and G. Mitchison, Biological sequence analysis. Cambridge University Press, 1998. ISBN 0-521-62971-3
- Kohane, et al. Microarrays for an Integrative Genomics. The MIT Press, 2002. ISBN 0-262-11271-X
- Michael S. Waterman, Introduction to Computational Biology: Sequences, Maps and Genomes. CRC Press, 1995. ISBN 0-412-99391-0
- Mount, David W. Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis Spring Harbor Press, May 2002. ISBN 0-87969-608-7
- Pevzner, Pavel A. Computational Molecular Biology: An Algorithmic Approach The MIT Press, 2000. ISBN 0-262-16197-4
Külső hivatkozások [szerkesztés]
Magyar vonatkozású linkek [szerkesztés]
- Magyar Bioinformatikai Társaság
- Magyar Agrárinformatikai Szövetség
- BCE Multidiszciplináris Doktori Iskola
- Szupraindividuális Bioinformatikai Publikációk
- Statisztika és biostatisztika tanácsadás – statisztikus.hu
- Bioinformatikai munkacsoport - BME Méréstechnika és Információs Rendszerek tanszék
Nemzetközi szervezetek és intézmények [szerkesztés]
-
- The International Society for Computational Biology
- Bioinformatics Organization (Bioinformatics.Org): The Open-Access Institute
- European Bioinformatics Institute
- Genetic Information Research Institute
- Open Bioinformatics Foundation: umbrella non-profit organization supporting certain open-source projects in bioinformatics
Szoftverek, adatbázisok [szerkesztés]
-
- AMOS: a modular, open-source genome assembler
- BioSimGrid: a distributed database for biomolecular simulations
- Bioconductor
- Diamond STING
- UPMC Bioinformatics Web Tools
- BioJava
- BIOMAP Project: Creating a Unified Global Map of various Macromolecular Biological Structures
- Biomolecular Interaction Network Database
- BioPerl
- BioPHP
- BioLinux
- BioPython
- BioRuby
- CIPRES Project: The Cyber-Infrastructure for Phylogenetic Research
- EMBOSS
- Ensembl
- GMOD: The Generic Model Organism Database Project
- HARVESTER: bioinformatic meta search engine for proteins in human, mouse and rat
- MANATEE: a web-based system for genome annotation and curation
- Proteome Ontology Project: An effort to build a Protein Ontology Specification, a part of BIOMAP Project
- Sequerome
- Seqhound
- MARBL: Text Indexing & Retrieval from Bioinformatics Libraries GPL open source software package to search Genbank
- Inverse Document Frequency Weighted Genomic Sequence Retrieval
- BiDE – The Bioinformatics Desktop Environment – An Open Source project to develop a compact Red Hat Linux-based single CD installation, which provides all the flavours of bioinformatics to your desktop
- BioCircle BiDE Page
- eBiotools: A software package that brings most of the Bioinformatics programs to the MacOSX
- Forensic DNA Fingerprinting
Tanfolyamok, képzések [szerkesztés]
-
- A long list of courses world wide.
- Training courses at the European Bioinformatics Institute.
- Courses given about Ensembl.
Folyóiratok [szerkesztés]
Egyéb külső hivatkozások [szerkesztés]
-
- OpenSource Bioinformatics / Computational Systems Biology portal
- Bioinformatics News
- Books and articles on Bioinformatics from O'Reilly
- Genome Canada: Canadian Bioinformatics Help Desk
- Human Genome Project and Bioinformatics
- Barry Smith's biomedical ontology site
- Virtual Institute of Microbial Stress and Survival (VIMSS)
