ORFeom

A Wikipédiából, a szabad enciklopédiából

A molekuláris genetika területén az ORFeom egy genom nyitott leolvasási kereteinek (open reading frames, ORFs) összességét jelenti. A kifejezést alkalmazzák a klónozott ORF-ek egy halmazának leírására is.[1] Az ORF-ek a géneket kódoló szekvenciáknak felelnek meg. A genom szekvenciái közül számítógépes programokkal lehet megkeresni őket, ilyen pl. a GENSCAN. Bár ez a baktériumok esetében könnyen megvalósítható, nem triviális a probléma az eukarióták genomjainál, az intronok és exonok jelenléte miatt.

A teljes ORFeomok használata a biológia új, rendszerszemléletű trendjének felel meg, ami omika néven foglalható össze. ORFeomokat használnak például a fehérje-fehérje interakciók[2][3] vizsgálatánál is.

ORFeomok klónozása[szerkesztés | forrásszöveg szerkesztése]

A teljes ORF-állomány klónozása már számos élőlény esetében sikeres volt, köztük:

Az emberi ORFeomot egyelőre csak részlegesen sikerült előállítani.[11][12]

Jegyzetek[szerkesztés | forrásszöveg szerkesztése]

  1. (2009.) „Reverse Chemical Genetics”. Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) 577, 3–9. o. DOI:10.1007/978-1-60761-232-2_1. PMID 19718504.  
  2. (2008.) „The Binary Protein Interactome of Treponema pallidum – the Syphilis Spirochete”. PLoS ONE 3 (5), e2292. o. DOI:10.1371/journal.pone.0002292. PMID 18509523.  
  3. (2004.) „From ORFeomes to Protein Interaction Maps in Viruses”. Genome Research 14 (10b), 2029–2033. o. DOI:10.1101/gr.2583304. PMID 15489322.  
  4. (2009.) „Construction and evaluation of an ORFeome-based Brucella whole-genome DNA microarray”. Microbial Pathogenesis 47 (4), 189–195. o. DOI:10.1016/j.micpath.2009.06.002. PMID 19524659.  
  5. (2012.) „Construction of a highly flexible and comprehensive gene collection representing the ORFeome of the human pathogen Chlamydia pneumoniae”. BMC Genomics 13, 632. o. DOI:10.1186/1471-2164-13-632. PMID 23157390.  
  6. (2010.) „The Escherichia coli K-12 ORFeome: A resource for comparative molecular microbiology”. BMC Genomics 11, 470. o. DOI:10.1186/1471-2164-11-470. PMID 20701780.  
  7. (2005.) „Expression capable library for studies of Neisseria gonorrhoeae, version 1.0”. BMC Microbiology 5, 50. o. DOI:10.1186/1471-2180-5-50. PMID 16137322.  
  8. (2004.) „The Pseudomonas aeruginosa PA01 gene collection”. Genome Research 14 (10B), 2190-200. o. DOI:10.1101/gr.2482804. PMID 15489342.  
  9. (2008.) „The ORFeome of Staphylococcus aureus v 1.1”. BMC Genomics 9, 321. o. DOI:10.1186/1471-2164-9-321. PMID 18605992.  
  10. (2009.) „Evolutionarily Conserved Herpesviral Protein Interaction Networks”. PLoS Pathogens 5 (9), e1000570. o. DOI:10.1371/journal.ppat.1000570. PMID 19730696.  
  11. Lamesch, Philippe, Li, Ning; Milstein, Stuart; Fan, Changyu; Hao, Tong; Szabo, Gabor; Hu, Zhenjun; Venkatesan, Kavitha; Bethel, Graeme; Martin, Paul; Rogers, Jane; Lawlor, Stephanie; McLaren, Stuart; Dricot, Amélie; Borick, Heather; Cusick, Michael E.; Vandenhaute, Jean; Dunham, Ian; Hill, David E.; Vidal, Marc (2007. március 1.). „hORFeome v3.1: A resource of human open reading frames representing over 10,000 human genes”. Genomics 89 (3), 307–315. o. DOI:10.1016/j.ygeno.2006.11.012. PMID 17207965.  
  12. http://horfdb.dfci.harvard.edu/ Human ORFeome 2011 Release