A sorozat a 99-es Klónerő elit és kísérleti katonáit követi nyomon, miközben egy gyorsan változó galaxisban kell megtalálják az útjukat a klónháború után. A Bad Batch tagjai egyedülálló, kivételes képességekkel rendelkeznek, ami rendkívül hatékony katonákká és félelmetes legénységgé teszi őket.
A csapat Kaller nevű bolygóra érkezik segíteni Depa Billaba Jedi Mesternek és Padawanjának, Caleb Dume-nak. Le is győzik a szeparatistákat, de még fellélegezni sincs idejük, mert Palpatine kiadja a 66-os parancsot. Mestere arra kéri Calebet, hogy fusson. Menekülés közben a Bad Batch-csel találja szembe magát, de bennük sem bízik, ezért menekül előlük is. A csapat tagja nem értik, hogy mi van, ezért Hunter és Crosshair a Padawan után futnak, Wrecker felügyeli, hogy ki megy utánuk, Echo és Tech pedig a simáknál érdeklődnek afelől, hogy mi az a 66-os parancs. Mivel Crosshair rálő Calebre, ezért ő még kevésbé bízik a 99-es klónosztagban, még úgy is, hogy Hunter leteszi összes fegyverét. Miután elmenekül, Crosshair felelősségre vonja vezetőjét. Hunter hazudik neki, mert azt mondja, Caleb meghalt. A Kaminora visszaérve látják, hogy minden klón a Jedik ellen fordult. A szobájukban Crosshair felfedi, hogy tud arról, hogy Hunter élni hagyta a Jedi fiút. Azt is megtudhatjuk, hogy csapat tagjai mutációinak hála nekik nem működik a chip-jük és amiért Echo-t félig droiddá alakították át, őrá sincs hatással az inhibitor chip. Elhívnak mindenkit egy nagy bejelentésre. A bejelentés pedig, nem más, mint maga a Palpatine szenátus előtti jelenete, amikor A Köztársaságból létrehozza az Első Galaktikus Birodalmat. Eközben pedig megérkezik Tarkin Admirális. Ezek után elmennek enni, ahol beléjük köt egy klón és ennek okán Wrecker megdobja őt néhány tálcával, így egy óriási verekedés alakul ki, amit maga Tarkin is lát. Miután visszamentek a kabinba, harci szimulációra hívják őket. Az első hullámot gond nélkül teljesítik, de amikor Tarkin beveti a valódi tűzerővel rendelkező robotokat, már egy kicsit nehezebben boldogulnak velük. Tarkinnak tetszett, hogy különleges taktikákat alkalmaznak, de Nala Se-től megtudja, hogy inhibitor chipjeik nem hatnak rájuk nagy mértékkel. Ezért egy misszióra küldi el az öt fokozott klónt, az Onderonra. Azt hiszik, hogy szeparatista droidok lesznek az ellenségeik, de kiderül, hogy korábbi köztársasági harcosok és civilek. A Saw Gerrera vezette csapat elfogja, de elengedi őket annak reményében, hogy a Birodalom ellen fordulnak. Crosshairnek nem tetszik, hogy nem fejezik be, amiért odamentek, ezért egy kis vita alakul ki. A vita közepette Hunter érzékel valaki mögöttük, akit lelő. kiderül, hogy egy birodalmi kutasz droid volt, amit Tarkin küldött az ellenőrzésükre. Szóba kerül Omega, mert ő figyelmeztette Huntert Tarkinra és kiderül róla, hogy ő az ötödik felfejlesztett klón, mert Echo egy "sima". Elhatározzák, hogy Omegátért elmennek a Kaminora. Ott lefogják őket klónok, mert Tarkin árulóknak nyilvánította őket és börtönbe zárják. Szerencséjükre Omega is ott van, mert tilosban járt. Crosshair-t elviszik, hogy megerősítsék benne a chip hatását. A többiek pedig elhatározzák, hogy kijutnak. Wrecker megdöngöli a falat néhányszor és Omega bebújik a szellőzőbe. Felülről ráugrik a klónokra és hatástalanítja a pajzsot. Visszafutnak a hajójukhoz, hogy felöltözzenek és elmenjenek Crosshairért. Ehelyett ő jön hozzájuk birodalmiként, új páncélban. Sikeresen megmenekülnek, kisebb sérülésekkel és a J-19-es szektor (Suolriep szektor) felé veszik az irányt.
1. évad 2. epizód
A csapat elment a Saleucamira, hogy találkozzanak Cut Lawquane-nel és családjával. Azért mentek hozzá, mert tőle megtudhatták, hogyan kell rejtőzködni. Kiderült, hogy Rex ott járt egy nappal azelőtt és elmondta, hogy a klónok a Jedik ellen fordultak. Omega itt látott életében először napot, földet, gyerekeket és itt játszott életében először. Ki akarták juttatni Cutékat a Saleucamiról, viszont kiderült, hogy minden hajót és értelmes élőlényt azonosítanak kódkártyákkal (Chain Code-okkal). Technek az az ötlete támadt, hogy bejelentik a saját hajójukat és Echoval szereznek kódkártyákat, viszont az későn derült ki, hogy Omega is a hajón volt, akit Cutékkal együtt el akartak vinni a szállítóhajón. Echo megszerezte a kódkártyákat és Omega elvitte őket Hunternek, ő pedig odaadta Cutnak. Omega úgy döntött, hogy Hunterékkel marad. Sikeresen elmenekültek a bolygóról, viszont a hajójuk megsérült.
A Bad Batch vezetője, képes érzékelni az elektromágneses frekvenciákat bárhol a bolygón. Azaz Hunter egy kiváló térkép.
Wrecker
Dee Bradley Baker
TBA
A Bad Batch legerősebb tagja, erőssége a közelharc, de tériszonya van.
Tech
Dee Bradley Baker
TBA
A Bad Batch legokosabb tagja, erőssége az elektronikai eszközök használata.
Crosshair
Dee Bradley Baker
TBA
A Bad Batch legjobban célzó tagja, erőssége a pontos lövés. Társaival ellentétben a Galaktikus Birodalom oldalán marad, mert az inhibiotor chipje működőképes és a chip hatékonyságát Tarkin megnöveli.
Echo
Dee Bradley Baker
TBA
Korábban a Domino-szakasz és az 501-es légió tagja. Halottnak hitték, de kiderült, hogy életben van, ezért Anakin, Rex és a Bad Batch megmentette őt. Ezek után csatlakozott a csapathoz.
A klónok háborúja hőse. Az 501-es légió századosa, Anakin Skywalker és Ahsoka Tano alatt szolgált. Korábban találkozott a Bad Batch-csel, s miután túlélte a háborút, összefutott a csapattal.
A Galaktikus Birodalom admirálisa. Ő mondja el a lakosoknak (holoüzeneten keresztül), hogy mi az a lánckód. Továbbá az ő feladata, hogy megalakítsa az első nem-klón birodalmi hadosztályokat.
Egy Jedi, Depa Billaba padawanja. Megkedvelte a The Bad Batch tagjait, de a 66-os parancs után távol tartotta magát tőlük, főleg úgy, hogy Crosshair rálőtt többször is.
Caleb Dume mestere, a sorozat első részében életét veszti a 66-os parancs miatt. Története a kánonban még egyszer el van mesélve a Star Wars: Kanan: Az első vér című képregénykötetben, csak ott egy kicsit másképp.
Korábban az Onderon szabadságharcosa, később pedig extrém lázadó. Valami történhetett A klónok háborúja és a Galaktikus Polgárháború között, amiért Saw egy extrém lázadó lett.
Becenevén AZI, egy kaminoi orvosdroid. Korábban segített kiszedni Tup (CT-5385) és Fives (CT-5555) klónkatonák inhibitor chipjeit.
Cut Lawquane
Dee Bradley Baker
TBA
Egy klón dezertőr. Két évvel a sorozat előtt segített ápolni Rex századost. A sorozat idején bujkál, majd menekül a Birodalom elől. Családjával sikeresen el is ment a Saleucamiról.
A Raktárvezető, másnéven Raspar Hatos annak a raktárnak a vezetője, ahol a csapat leszáll. Pénzért sok mindent megcsinál a Bad Batch-nek, de Fennec Shand-nek is.