Az 1975-ig portugál gyarmat szigetország labdarúgó válogatottja 1976. június 29-én a közép-afrikai játékok csoportkörében játszotta első mérkőzését Csád ellen, amelyen 5-0-s arányban alulmaradtak. A folytatás sem tartogatott meglepetést: előbb történelmi jelentőségű 11-0-s vereséget szenvedtek Kongó ellenében, majd egy izgalmas, a csoport harmadik helyéért folyó harcban, 2-1-es arányban maradtak alul a Közép-afrikai Köztársaság labdarúgó-válogatottja ellen. A tornát az atlanti-óceáni ország nemzetközi labdarúgóéletére jellemző tízéves szünet követte, amely hátterében szinte mindig a honi labdarúgó élet rendezetlensége és anyagi nehézségek húzódtak.
São Tomé és Príncipe1998 és 2003 között játszotta labdarúgó-mérkőzéseinek döntő hányadát. 1998. augusztus 2-án játszották első afrikai nemzetek kupája-selejtező mérkőzésüket Togo ellen, és mindkét mérkőzésüket el is vesztették az akkor már jóval erősebbnek számító riválisukkal szemben (0-4 és 0-2). A labdarúgó-válogatott első hivatalos győzelmét 1999. november 14-én jegyezték fel az UNIFAC-kupa utolsó csoportmérkőzésén Egyenlítői-Guinea csapata ellen (2-0).
São Tomé és Príncipe világbajnoki-selejtezőn történt bemutatkozása jól sikerült, hiszen a 2000. április 4-én rendezett São Tomé-i találkozón a hazai csapat 2-0-s arányban múlta felül Sierra Leone válogatottját. A visszavágó sikertelensége ellenére (4-0-s vereség) úgy tűnt, hogy a São Tomé és Príncipe-i labdarúgás a fejlődés útjára lépett. Sajnos az ország rendezetlen labdarúgó élete, illetve a fokozódó anyagi nehézségek a válogatott számtalan visszaléptetésére adtak okot, így jelenleg a válogatott - mivel 4 éve nem játszott egyetlen hivatalos mérkőzést sem - nem szerepel az aktuális FIFA-világranglistán.
São Tomé és Príncipe
Gustave Clément Nyoumba
Csád 5-0 São Tomé és Príncipe 
2000. április 8., São Tomé, São Tomé és Príncipe
Kongó 11-0 São Tomé és Príncipe 
Líbia (i)