Karrierje során Roque Júnior játszott a Santarritense, a São José, a Palmeiras, az AC Milan, a Leeds United, a Siena, a Bayer Leverkusen, az MSV Duisburg és az Al-Rayyan csapatában is, pályafutását pedig az Ituanóban fejezte be. A Palmeiras színeiben több mint 200 tétmérkőzésen lépett pályára,[1] legnagyobb sikere a csapattal az 1999-es Copa Libertadores győzelem volt. Peter Reid edző 2003-ban a Leeds Unitedhez csábította, azonban sok sikerélményben nem volt része az Elland Roadon. A Birmingham City elleni hazai bajnokin mutatkozott be a klub színeiben, azonban összesen hét tétmérkőzésen viselte a Leeds mezét. Legemlékezetesebb mérkőzése a Manchester United elleni Worthington Cup találkozó volt, amin két gólt szerzett, azonban a Leeds így is vereséget szenvedett.[2][3]
(2-3)
2008 szeptemberében a Palmeiras a katari Al-Rayyannak adta kölcsön az idény végéig.[4] 2008 végén elhagyta a Palmeirast és bár több ausztrál élvonalbeli klubbal is tárgyalt,[5] végül egyikhez sem írt alá. Majd két év elteltével a brazil Ituano csapata szerződtette,[6]
ám mindössze három bajnoki után bejelentette visszavonulását.
Roque Júnior 48 alkalommal lépett pályára a brazil válogatottban, tagja volt a 2002-es világbajnokságon győztes csapatnak. A 2006-os tornát egy sérülés miatt ki kellett hagynia, a válogatottban 2007. szeptember 4-én játszott utoljára.
