Ribonukleáz V1
.jpg)
A ribonukleáz V1 (RNáz V1) olyan ribonukleáz enzim ami a közép-ázsiai kobra (Naja oxiana) mérgében található meg.[1] A kettős szálú RNS-t nem szekvencia-specifikus módon hasítja, többnyire legalább hat halmozott nukleotid szubsztrátjára van szüksége.[2] Sok ribonukleázhoz hasonlóan, ennek az enzimnek az aktivitásához is magnéziumionok jelenléte szükséges.[3]
Laboratóriumi használat
[szerkesztés]A tisztított RNáz V1 a molekuláris biológiai kísérletek során egy gyakran alkalmazott reagens. Más ribonukleázokkal együtt, amelyek az egyszálú RNS-t specifikus nukleotidok vagy szekvenciák után hasítják - például az RNáz T1 és az RNáz I -, fel lehet használni a belső kölcsönhatások megismerésére összetett másodlagos szerkezetű nagy RNS-molekulákban, vagy DNS-lábnyom-kísérleteket lehet végezni olyan makromolekuláris komplexekkel, amelyek tartalmaznak RNS-t. [3]
Az RNáz V1 egy gyakran használt laboratóriumi RNáz, amely bizonyítékot szolgáltat a kettős szálú spirális konformációk jelenlétére a cél RNS-ben. [4] Mivel az RNáz V1 aktív a bázispáros, de egyszálú RNS-sel[5] szemben, az RNáz V1 és az RNáz I iránti kettős érzékenység a cél RNS molekula egyetlen helyén szolgáltat bizonyítékot az RNS hurkokban található viszonylag szokatlan konformációra.
Strukturális felfedezések
[szerkesztés]Az RNáz V1 különösen fontos szerepet játszott a transzfer RNS jellegzetes szár-hurok struktúrájának magyarázatában. [1] [6] Széles körben alkalmazták a retrovírusok, például a hepatitis C, [7] dengue vírus, [8] és a HIV erősen strukturált RNS genomjainak tanulmányozására is. [9] Az S1 nukleázhoz hasonlóan, amely specifikusan hasítja az egyszálú RNS-t, fel lehet használni a messenger RNS molekulák másodlagos szerkezeti hajlamainak megismerésére, ez az eljárás teljes transzkriptómokra is alkalmazható, akkor ha mély szekvenálással párosulnak. [10] [11]
Hivatkozások
[szerkesztés]- ↑ a b (1981. február 1.) „Partial digestion of tRNA--aminoacyl-tRNA synthetase complexes with cobra venom ribonuclease”. Biochemistry 20 (4), 1006–11. o. DOI:10.1021/bi00507a055. PMID 7011369.
- ↑ szerk.: Ying: MicroRNA Protocols. Humana Press, 23. o. (2006. január 1.). ISBN 9781597451239
- ↑ a b (2013. április 1.) „RNA structure determination using nuclease digestion”. Cold Spring Harbor Protocols 2013 (4), 379–82. o. DOI:10.1101/pdb.prot072330. PMID 23547152.
- ↑ Duval, Melodie.szerk.: Klostermeier: RNA Structure and Folding: Biophysical Techniques and Prediction Methods. Walter de Gruyter, 32. o. (2013. november 6.). ISBN 9783110284959
- ↑ (1986. április 1.) „On the recognition of helical RNA by cobra venom V1 nuclease”. The Journal of Biological Chemistry 261 (12), 5396–403. o. PMID 2420800.
- ↑ (1981. október 1.) „Mapping tRNA structure in solution using double-strand-specific ribonuclease V1 from cobra venom”. Nucleic Acids Research 9 (19), 5125–40. o. DOI:10.1093/nar/9.19.5125. PMID 7031604.
- ↑ (1997. október 1.) „Secondary structure determination of the conserved 98-base sequence at the 3' terminus of hepatitis C virus genome RNA”. Journal of Virology 71 (10), 7345–52. o. PMID 9311812.
- ↑ (2009. január 1.) „Conformational changes in the solution structure of the dengue virus 5' end in the presence and absence of the 3' untranslated region”. Journal of Virology 83 (2), 1161–6. o. DOI:10.1128/JVI.01362-08. PMID 19004957.
- ↑ (1992. július 1.) „The human immunodeficiency virus type 1 packaging signal and major splice donor region have a conserved stable secondary structure”. Journal of Virology 66 (7), 4144–53. o. PMID 1602537..
- ↑ (2010. szeptember 1.) „Genome-wide measurement of RNA secondary structure in yeast”. Nature 467 (7311), 103–7. o. DOI:10.1038/nature09322. PMID 20811459.
- ↑ Silverman, Ian M..szerk.: Yeo: Genome-Wide Approaches for RNA Structure Probing, RNA Processing. Springer, 29-59. o. (2016. november 6.). ISBN 978-3-319-29071-3