A Magyarországi Szabadkeresztyén Gyülekezet gyökerei két, egymástól függetlenül megalakuló közösségre vezethetők vissza. Az 1920-as években a Debrecen környéki falvakban Sándor János missziós munkáját komoly szellemi ébredés követte. Később a II. világháború idején létrejött Budapesten egy önálló kisközösség a Dr. Mézes Zsigmond vezetette hívő orvoskörből, melyet hivatalosan be is jegyeztek a szabadegyházak közé. Ez a két közösség 1966-ban egyesült. A főleg baptista és református hagyományokat követő közösség megújult a karizmatikus ébredés által 1975-ben. Saját imaház hiányában kezdetben az Ó utcában (a Keresztyén Testvér Gyülekezet közösségi házában), később a Wesselényi utcában (Baptista Közösség), majd az Üllői úton (Adventista Közösség), még később pedig a Hőgyes E. utcában ( Magyarországi Unitárius Egyház) tartották összejöveteleiket. Végül 1984-ben épületet vásárolt a közösség Zuglóban, mely átalakítás és felújítás után 1988-tól a közösség imaháza, illetve otthont ad az országos központi irodának is.
Alapítványok
A közösség több alapítványt is támogat. Ezek a következőek:
Dünamisz Alapítvány, „Zúgó Szél” Alapítvány, Grace Ministries alapítvány.
