1967-ben az SV Vötting-Weihenstephan csapatában kezdte a labdarúgást. 1975-ben igazolta le a Bayern München, ahol 1979-ben mutatkozott be a Bayern második együttesében. 1981-ben mutatkozott be az élvonalban, ahol 1992-ig szerepelt. A következő öt idényben ismét a második csapat tagja volt, de 1995-ben egy mérkőzésre visszatért az élvonalba. 1997 és 2001 között az SE Freising játékosa volt. A 2001–02-es idényben ismét a Bayern II-ben szerepelt. 2002 és 2005 között visszatért az SE Freisinghez és itt fejezte be az aktív labdarúgást.
Pflügler okleveles mérnökként tevékenykedik a civil életben.[1]
