A csapat Balkányi Törekvés néven alakult. Az 1940-es évek végén szerepeltek az NB III-ban. Története nagy részét megyei osztályokban töltötte, azonban a 2005/2006-os szezonban már újra a harmadik osztályban találta magát a csapat. Ebben az évben Balkányi SE néven bejutott a magyar labdarúgókupa legjobb 32 együttese közé. 2011-ben visszazuhant a megyei első osztályba, négy évvel később pedig tovább romlott a helyzet: a klub a Megye II-be csúszott vissza. Gyorsan feleszmélve már Cellspan-Balkány SE néven visszaléptek a Szabolcs-Szatmár-Bereg megyei élvonalba (2015/2016). A 2016/2017-es szezonban megnyerték a megyei első osztály bajnokságát. 2015 és 2018 között a helyi Cellspan Kft. nevét viselte a csapat.