Pángenom
A molekuláris biológiában a pángenom (vagy szupragenom) tartalmazza az egy fajhoz tartozó lehetséges gének teljes választékát – általában baktériumokra és archeákra használják a kifejezést, melyeknek még közeli törzsei között is nagy változatosság lehet a géntartalomban. Egy faj összes törzsei génkészleteinek unióját értjük alatta.[1] A pángenom jelentősége evolúciós kontextusban mutatkozik meg, főként a metagenomikában releváns,[2] de szélesebb genomikai kontextusban is használatos.[3]
A „pán” genom több részre osztható.
Tartalmazza a valamennyi törzsben jelenlévő „mag” genomot (core genome), melyet a fajra jellemző, erősen konzervált „váz” gének sora alkot. Ez általában az alapvető anyagcsere-folyamatokban részt vevő géneket tartalmazza.
A maggenomot változatos géntartalmú, az adott törzsre specifikus genomi szigetek, a „járulékos” genom (dispensable genome) szakítják meg. Ezek két vagy több törzsben is megjelennek. A járulékos genom többnyire mobilis genetikai elemeket, virulenciafaktorokat hordoz, illetve a törzsre specifikus különleges életkörülményekhez való alkalmazkodást lehetővé tevő géneket.
Meg szokás még említeni az egyetlen törzsben megjelenő, egyedi géneket (unique genes).[1][4]
Példák[szerkesztés]
A mag- és a pángenom méretének összehasonlítását elvégezték például a Prochlorococcus esetében. A maggenom logikusan sokkal kisebb a pángenomnál.[5]
Kapcsolódó szócikkek[szerkesztés]
- Kvázifajok, John Maynard Smith hasonló elképzelése.
Jegyzetek[szerkesztés]
- ↑ a b Medini D, Donati C, Tettelin H, Masignani V, Rappuoli R (2005. december 1.). „The microbial pan-genome”. Curr. Opin. Genet. Dev. 15 (6), 589–94. o. DOI:10.1016/j.gde.2005.09.006. PMID 16185861.
- ↑ Reno ML, Held NL, Fields CJ, Burke PV, Whitaker RJ (2009. május 1.). „Biogeography of the Sulfolobus islandicus pan-genome”. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 106 (21), 8605–10. o. DOI:10.1073/pnas.0808945106. PMID 19435847.
- ↑ Reinhardt JA, Baltrus DA, Nishimura MT, Jeck WR, Jones CD, Dangl JL (2009. február 1.). „De novo assembly using low-coverage short read sequence data from the rice pathogen Pseudomonas syringae pv. oryzae”. Genome Res. 19 (2), 294–305. o. DOI:10.1101/gr.083311.108. PMID 19015323.
- ↑ Csörgő Bálint: Redukált genomú Escherichia coli törzs genetikai stabilitásának növelése az indukálható DNS-polimerázok kiiktatásával (PhD-értekezés). [2014. szeptember 4-i dátummal az eredetiből archiválva]. (Hozzáférés: 2014. szeptember 3.)
- ↑ Archivált másolat. [2021. február 13-i dátummal az eredetiből archiválva]. (Hozzáférés: 2014. szeptember 3.)