ChemSpider

A Wikipédiából, a szabad enciklopédiából
ChemSpider
Fejlesztő Royal Society of Chemistry[1]
Legfrissebb fejlesztői kiadás ismeretlen +/-
Operációs rendszer web
Kategória Kémiai szerkezetek adatbázisa
Licenc Creative Commons Attribution Share-alike[2]
A ChemSpider weboldala

ChemSpider kémiai vegyületek adatbázisa amelynek tulajdonosa: Royal Society of Chemistry.[3][4][5][6][7][8][9][10][11][12][13]

Adatbázis[szerkesztés]

Az adatbázis több mint 30 millió egyedi molekuláról tartalmaz információt 450 adatforrásból. Ezek közül néhány:

EPA DSSTox, U.S. Food and Drug Administration (FDA), Human Metabolome Database, Journal of Heterocyclic Chemistry, KEGG, KUMGM, LeadScope, LipidMAPS, Marinlit, MDPI, MICAD, MLSMR, MMDB, MOLI, MTDP, Nanogen, Nature Chemical Biology, NCGC, NIAID, National Institutes of Health (NIH), NINDS Approved Drug Screening Program, NIST, NIST Chemistry WebBook, NMMLSC, NMRShiftDB, PANACHE, PCMD, PDSP, Peptides Prous Science Drugs of the Future, QSAR, R&D Chemicals, San Diego Center for Chemical Genomics, SGCOxCompounds - SGCStoCompounds, SMID, Specs, Structural Genomics Consortium, SureChem, Synthon-Lab, Thomson Pharma, Total TOSLab Building-Blocks, UM-BBD, UPCMLD, UsefulChem, Web of Science, xPharm, ZINC,

Minden vegyület kap egy egyedi azonosítót ami része a rá mutató URL-nek. Pl. aceton azonosítója a 175, a hozzá tartozó URL http://www.chemspider.com/Chemical-Structure.175.html

Együttműködés / Crowdsourcing[szerkesztés]

A ChemSpider adatbázis fejleszthető felhasználói segítséggel többek között képletek leírása, spektrumok leírása, vagy felhasználói ellenőrzés segítségével. Ez a fajta crowdsourcing megközelítés alkalmas online kémiai adatbázis fejlesztésére. A crowdsource alapú ellenőrzés eredménye egy olyan könyvtára a kémiai neveknek ahol kémiai szerkezethez vannak rendelve amit használni tudnak az adat bányász alkalmazások biomedikai és kémiai irodalomban.[14]

Keresés[szerkesztés]

Számos keresési modul biztosított:

  • A 'standard search' segítségével lehet keresni szisztematikus nevekben, kereskedelmi nevekben, szinonimákban, és regisztrációs számokban.
  • Az 'advanced search' segítségével interaktívan lehet kémiai szerkezeteket, kémiai rész szerkezeteket, összeg képletet, molekula tömeg tartományban, CAS számra, beszállítókra stb. keresni. Ezután a keresés eredményét lehet bővíteni vagy *szűkíteni több paraméter megadásával.
  • Szerkezet keresés mobil eszközökön lehetséges iOS (iPhone/iPod/iPad) és Android platformokon.

Kémiai leíró nyelv[szerkesztés]

A ChemSpider adatbázis egy kombinációját használja szövegbányászatnak és a kémiai dokumentum jelölő nyelvnek. ChemMantis,[15] a Chemistry Markup And Nomenclature Transformation Integrated System algoritmust használ hogy kinyerje és meghatározza a pontos kémiai nevet a dokumentumokból és web oldalakról és ezt a kémiai nevet konvertálja a kémiai szerkezethez úgy hogy név-szerkezet konverziós algoritmust használ és ellenőrzi a ChemSpiderben található adatokhoz viszonyított helyességét. Az eredmény egy integrált rendszer lesz a kémiai dokumentumok és információs keresések között. A ChemSpider több mint 150 adatforrása között.

Története[szerkesztés]

ChemSpidert Royal Society of Chemistry megvásárolta 2009 Májusában.[16] Előtte egy privát cég irányította, ChemZoo Inc. A rendszer először 2007 Márciusában indult el béta állapotban. Miközben átalakultak a végleges kiadás 2008 Márciusában jelent meg. ChemSpider bővítette az általános támogatását a kémiai adatbázisok irányába így támogatja a Wikipédia kémiai szerkezet kollekcióját is a WiChempedia implementáción keresztül.

Szolgáltatások[szerkesztés]

Számos szolgáltatás elérhető online. Ezek közé tartozik a kémiai névadás szerkezeti képletből, SMILES és InChi string generálás ugyan úgy, mint a fizikai paraméterek prediktálása. A Webes felületen keresztül lehetőség van NMR predikcióra is.

SyntheticPages[szerkesztés]

SyntheticPages egy ingyenes, interaktív adatbázisa kémiai szintéziseknek amit Royal Society of Chemistry üzemeltet.[17] A felhasználók beküldhetik az általuk elvégzett szintéziseket az oldalon történő közlésre. Ezek a szintézisek lehetnek saját munkák, de lehetnek cikkek alapján elvégzett reakciók is. Az idézetek az eredeti cikkben megjelent szintézis alapján kerülnek megjelenítésre, ott ahol ez szükséges. Ezeket tudományos szerkesztők ellenőrzik mielőtt publikálnák az oldalon. A lapok nem kerülnek hivatalos szakértői értékelésre mint tudományos folyóiratok esetében, de lehetőség van megjegyzések hozzáfűzésére a bejelentkezett felhasználóknak. Hozzászólásokat szintén tudományos szerkesztők moderálják. A cél az, hogy összegyűjtsék a hasznos gyakorlati tapasztalatokat hogy hogyan kell egy sikeres reakciót elkészíteni a laboratóriumban. Amíg kísérleti módszer hivatalosan és tömören kerül publikálásra egy tudományos folyóiratban, ChemSpider SyntheticPages sokkal praktikusabb tanácsokkal szolgál. Kevésbé formális mint a tudományos folyóiratok. Hozzászólásokat tartalmaz a beküldőktől stb. A SyntheticPages oldalt eredetileg Kevin Booker-Milburn (University of Bristol), Stephen Caddick (University College London), Peter Scott (University of Warwick) Professzorok és Dr Max Hammond készítették. 2010 februárjában összevonták a Royal Society of Chemistry kémiai kereső motorját,[18] a ChemSpidert és jelenleg ChemSpider|SyntheticPages (CS|SP) formában érhető el.

Open PHACTS[szerkesztés]

ChemSpider biztosít egy kémiai képlet adatbázis (repository) ami része a Open PHACTS projektnek, Innovative Medicines Initiative. Open PHACTS open sztenderdekre épül, nyílt hozzáférésű, szemantikus web megközelítést használja kis molekulájú gyógyszerek felfedezésére. A projekt célja hogy létrehozzon és fenntartson egy olyan "nyílt farmakológiai terert" amely használja és fejleszti a szemantikus web lehetőségeit. Elsősorban praktikus és robusztus alkalmazásokat jelent, konkrét gyógyszerkutatási kérdések megoldására.[19]

Referenciák[szerkesztés]

  1. doi:10.1038/483524a
  2. ChemSpider Adopts Creative Commons Licenses
  3. (2007. június 11.) „{{{title}}}”. Chemical & Engineering News 85 (24).  
  4. Antony John Williams (Jan–Feb 2008). „ChemSpider and Its Expanding Web: Building a Structure-Centric Community for Chemists”. Chemistry International 30 (1).  
  5. Sablon:Cite pmid
  6. Sablon:Cite pmid
  7. doi:10.1038/453139a
  8. E. Curry, A. Freitas, and S. O’Riáin, "The Role of Community-Driven Data Curation for Enterprises," in Linking Enterprise Data, D. Wood, Ed. Boston, MA: Springer US, 2010, pp. 25–47.
  9. Links to Multiple Presentations about ChemSpider
  10. Identification of Nontargeted Species Using Accurate Mass/Mass Spectrometry Data and ChemSpider
  11. doi:10.1002/9781118026038.ch22
  12. doi:10.1021/ed100697w
  13. doi:10.1007/s13361-011-0265-y
  14. doi:10.1186/1758-2946-2-3
  15. Welcome ChemMantis to ChemZoo and a Call for Contributions from the Community, 2008-10-23, A. Williams, blog post
  16. RSC acquires ChemSpider”, Royal Society of Chemistry, 2009. május 11. (Hozzáférés ideje: 2009. május 11.) 
  17. ChemSpider SyntheticPages. ChemSpider SyntheticPages. Royal Society of Chemistry. (Hozzáférés: 2012. június 26.)
  18. ChemSpider and SyntheticPages support synthetic chemistry. RSC Publishing. Royal Society of Chemistry, 2010. február 5. [2012. július 26-i dátummal az eredetiből archiválva]. (Hozzáférés: 2012. június 26.)
  19. doi:10.1016/j.drudis.2012.05.016