pBI143
A pBI143 mintegy 2700 bázispárból álló plazmid. 1985-ben fedezték fel Bacteroides fragilisban, ezzel ez volt az első ott felfedezett plazmid.[1]
Előfordulás[szerkesztés]
A pBI143 számos baktériumban, például a Bacteroides fragilisban vagy a Phocaeicola vulgatusban megtalálható.[1][2] Ez a plazmid az emberi emésztőrendszer teljes genetikai állományának mintegy 0,1%-át teszi ki, és nagyrészt iparosodott országokban fordul elő. E plazmid mintegy 14-szer gyakoribb, mint a korábban a leggyakoribb genetikai elemnek tekintett crAssfág. Legtöbb mutációja bizonyos helyeken történik a legtöbb emberben a több ezer elemzett metagenom alapján, ez erős tisztító szelekcióra utal.
Tulajdonságok[szerkesztés]
A pBI143 a legtöbb emberben monoklonális, feltehetően az elsőként megjelent verzió prioritáshatása miatt. A legegyszerűbb kétgénes változat feltehetően parazita, de további géneket hordozhat. Mennyisége stressz – például gyulladásos bélbetegségek – esetén nő. A Bacteroidales tagjai közt mozog, de nem befolyásolja a baktériumok rátermettségét.[2]
A pBI143 elsőként leírt változata 2747 bázispárból áll, GC-tartalma 41%, és két 50 kodonnál hosszabb nyitott leolvasási keretből áll, ezek a mobA és a repA, melyeket egy 56 bázispáros fordított ismétlés választ el.[3] Fogarty et al. 2024-ben további 3 változatot írtak le 2751, 2784, illetve 2782 bázispárral, ezek közül a referenciával 98%-ban azonos 1. változat volt a leggyakoribb Európában és Észak-Amerikában (az ausztriai, kanadai, dániai, angliai, finnországi, olaszországi, hollandiai, spanyolországi, svédországi és amerikai egyesült államokbeli minták 82,5%-a), ezzel szemben a 2. változat volt a leggyakoribb Ázsiában (a kínai, japán és koreai minták 63,6%-ában volt megtalálható), a 3. ritka volt – a pBI143-pozitív minták mintegy 7,4%-ában fordult elő, jellemzően Japánban, Koreában, Ausztráliában, Svédországban és Izraelben.[2]
Általában vertikálisan adódik át.[2]
Nyitott leolvasási keretek[szerkesztés]
A repA GC-tartalma 33%, a mobA-é 44%, a repA a Zymomonas mobilis pZM2 plazmidjával, a mobA más Bacteroides-mobilizációs fehérjékkel homológ. E két feltételezett replikációs fehérje a Gram-pozitív plazmidok pSN2 családjához tartozó görgőkörös replikációs fehérjék családjába tartozik.[3] Ennek megfelelően egyszálú pBI143-DNS-t találtak a plazmidtartalmú Bacteroides fraglilis-tenyészetekben.[3]
Hordozók[szerkesztés]
Fogarty et al. 2024-ben kimutatták, hogy a pBI143 de facto gazdája, a B. fragilis a metagenomok mintegy 41%-ában volt a pBI143-mal együtt jelen, és mivel a szekvenálási mélység nem magyarázta ezt, mivel a pBI143 több mint 50-szer volt lefedve B. fragilis nélküli metagenomokban, a pBI143 gazdatartománya nem korlátozódik rá.[2]
A pBI143 jelenléte elsősorban a humán emésztőrendszerre korlátozódik: 88 eltérő környezetben, például óceánban, szennyvízben, kórházi felületeken és állati emésztőrendszerekben több mint 100 000 metagenomon végzett vizsgálat alapján a pBI143 nagyrészt az emberi emésztőrendszerre korlátozódik, de előfordulhat más élőlényekben, például házi macskákban vagy laboratóriumban élő patkányokban is, de metagenomjaikban aránya 0,003, illetve 0,001% volt. Ezenkívül más humán testtájakban való vizsgálatok alapján a pBI143 az emberi testben az emésztőrendszeren kívül kis mennyiségben volt megtalálható.[2]
Hasonló DNS-részletek[szerkesztés]
A pBI143-szekvencia elérhetősége lehetővé tette egy 8,9 kb hosszú Bacteroides-vektor, a pFD288 teljes szekvenciájának elemzését.[3]
A Tn4555 antibiotikumrezisztencia-transzpozon törzsek közt vihető át konjugációval, de ehhez kromoszomális tetraciklinrezisztencia-elemek kellenek. Smith et al. 1996-ban a transzfermechanizmus genetikai szintű leírásáról számoltak be delécióelemzéssel és klónszekvenálással. Ezeket összehasonlították a pBI143 mobilizációs régióival, és kiderült, hogy a szülő genetikai elem eltérő szegmensén találhatók, melyeket másodlagos szerkezeti régiókkal határoztak meg, vagyis meghatározott mobilizációs kazetták létezhetnek.[4]
A pFL1 plazmid 2311 nukleotid hosszú, GC-tartalma 32,7%, és noha a hasonló hosszúságú plazmidokkal nem mutat hasonlóságot, két nyitott leolvasási kerete közül az I., az ORFI hasonló fehérjét kódol a Gram-negatív baktériumok plazmidjaihoz, a pBI143-hoz és a Zymomonas mobilis pZM2-jéhez.[5]
Jegyzetek[szerkesztés]
- ↑ a b Smith, C J (1985. október 1.). „Development and use of cloning systems for Bacteroides fragilis: cloning of a plasmid-encoded clindamycin resistance determinant”. Journal of Bacteriology 164 (1), 294–301. o. DOI:10.1128/jb.164.1.294-301.1985. ISSN 0021-9193. PMID 2995313.
- ↑ a b c d e f (2024. február 29.) „A cryptic plasmid is among the most numerous genetic elements in the human gut”. Cell 187 (5), 1206–1222.e16. o. DOI:10.1016/j.cell.2024.01.039. PMID 38428395. (Hozzáférés: 2024. március 7.)
- ↑ a b c d Smith CJ, Rollins LA, Parker AC (1995. november). „Nucleotide sequence determination and genetic analysis of the Bacteroides plasmid, pBI143”. Plasmid 34 (3), 211–222. o. DOI:10.1006/plas.1995.0007. PMID 8825374. (Hozzáférés: 2024. március 7.)
- ↑ Smith CJ, Parker AC (1996. május). „A gene product related to Tral is required for the mobilization of Bacteroides mobilizable transposons and plasmids”. Mol Microbiol 20 (4). DOI:10.1111/j.1365-2958.1996.tb02513.x. PMID 8793871. (Hozzáférés: 2024. március 7.)
- ↑ Ashiuchi M, Zakaria MM, Sakaguchi Y, Yagi T (1999. január 1.). „Sequence analysis of a cryptic plasmid from Flavobacterium sp. KP1, a psychrophilic bacterium”. FEBS Microbiol Lett 170 (1), 243–249. o. DOI:10.1111/j.1574-6968.1999.tb13380.x. PMID 9919674. (Hozzáférés: 2024. március 7.)
 |
Az itt található információk kizárólag tájékoztató jellegűek, nem minősülnek orvosi szakvéleménynek, nem pótolják az orvosi kivizsgálást és kezelést. A cikk tartalmát a Wikipédia önkéntes szerkesztői alakítják ki, és bármikor módosulhat. |
