Kalottamodell

A kalottamodell (vagy térkitöltő modell) a golyós modellhez hasonlóan a térbeli (háromdimenziós) molekulamodellezés eszköze, melyet néha szervetlen, de főként szerves vegyületek térbeli szerkezetének demonstrálására használnak.

Az n-oktán kalottamodellje jól mutatja a 18 hidrogénatom elrendeződését a nyolcatomos szénlánc körül.

A kalottamodell a golyósmodell továbbfejlesztett változata, mellyel a molekulakonfigurációt sokkal élethűbben lehet visszaadni. Az egyes atomokat különböző színű gömbszeletek (illetve gömbsüvegek, latinul calotta, innen az elnevezés) jelképezik. Az atomok mérete a van der Waals-sugárnak felel meg és a kötések iránya, a kötésszögek, a kötéshosszak is a valóságossal arányosak. Léteznek számítógépes molekulamodellező programok is, melyekkel térkitöltő modelleket lehet tervezni.

Népszerű molekulamodellező szoftverek

Molecular Docking Server
Millsian
BALLVeiw^{[halott link]}
Cerius2^{[halott link]}
InsightII Archiválva 2021. december 9-i dátummal a Wayback Machine-ben
Sybyl
MOE
Ghemical Archiválva 2019. május 10-i dátummal a Wayback Machine-ben
MMTK Archiválva 2019. május 8-i dátummal a Wayback Machine-ben
Molsoft ICM^{[halott link]}
PyMOL
VMD^{[halott link]}
SPARTAN
GROMOS Archiválva 2021. december 6-i dátummal a Wayback Machine-ben
GAUSSIAN
MolVeiw

Pálcikamodell

A pálcika-modell hasonlít a kalottamodellhez, de abban különbözik tőle, hogy jobban megjeleníti a kémiai kötéseket. (Hogy egyes, kettes vagy hármas a kötés.) A színek ugyanolyanok, mint a kalottamodellben (l. lejjebb). A méretek ellenben nem: a pálcikamodellben az atomok (mindegyik) ugyanakkorák.

Színséma és méret

Az atomok a CPK-modell szerint vannak színezve. (A pálcikamodellben a színek ugyanolyanok.) A méretek pedig az adott atom valós méretéből adódnak. (A pálcikamodellben ugyanolyanok.)

Színezés, és méret
Atom	Szín	Méret	Vegyjel
Hidrogén	fehér	nagyon kicsi	H
Szén	fekete / ezüstszürke	normál	C
Nitrogén	kék	normál	N
Oxigén	piros	normál	O
Foszfor	narancssárga	normál	P
Kén	sárga	normál	S
Klór	zöld	normál	Cl
Jód	lila	közepes	I
Bór	halvány piros	normál	B
Fluor	sárgás zöld	normál	F
Vas	fakólila	közepes	Fe
Ólom	világos szürke	közepes	Pb
Nátrium	ibolya	közepes	Na
Hélium	világos fakótürkiz	normál	He
Kalcium	fűzöld	közepes	Ca
Magnézium	világos zöld	kicsi	Mg
Ezüst	világos fakókék	közepes	Ag
Kálium	sötétibolya	normál	K
Higany	világos vasszürke	közepes	Hg
Bróm	bordó	nagy	Br
Szelén	fáradt narancssárga	normál	Se
Alumínium	pirosas bőrszín	normál	Al
Urán	türkizkék	nagyon nagy	U